为了创办约翰斯·霍普金斯大学，校董事会邀请了当时哈佛大学校长埃利奥特(哈佛任期最长的校长，从1869到1909长达40年)、康奈尔大学校长怀特(康奈尔首任校长，耶鲁时期吉尔曼同学，同是骷髅会成员，并一同前往欧洲旅行)和密歇根大学校长安吉尔在一起商议，为这所新大学物色校长，最后他们一致推选吉尔曼(Daniel Gilman)。

　　1853年，吉尔曼从耶鲁大学获得学士和硕士学位，随后到欧洲考察教育，并在德国柏林大学学习。1856年回国后任教于耶鲁大学。1872―1875年他担任加利福尼亚大学(即加州大学伯克利分校)第二任校长。1876年接任霍普金斯大学首任校长。

　　他在就职演说中，阐述了霍普金斯的办学思想：“最慷慨地促进一切有用知识的发展，鼓励研究，促进青年人的成长，促进那些依靠其能力而献身科学进步的学者们的成长。” 在谈到大学的培养目标时，他指出：“科学最大的需要是观察，社会最大的需要是人，因此，大学的目标就是把学生在各自求学的科系中，尽可能的培养成出色的，但又诚实热情和真正智慧的人。”

　　从这里走出的实用主义哲学的代表人物如约翰·杜威，美国总统伍德罗·威尔逊等，就是对他的办学思想和培养目标的最好诠释。

　　吉尔曼深受柏林大学的影响，认为科学研究不仅是大学的一项基本任务，而且是大学的灵魂。他强调说：“学术研究是每个教授的职能，而且教授应该是学生的指导者或激励者。” 1926年，著名的心理学家卡特尔调查发现，在当时1000位著名的美国科学家当中，243位是毕业于霍普金斯大学的。

　　吉尔曼认为：“大学的荣誉应该取决于教师和学者的品质，而不应该取决于人数和使用的建筑物。”在学生的录取上，吉尔曼认为光有好的教授，没有好的学生，就不能刺激教授教学的欲望。美国学者瑞安指出：“看看霍普金斯大学的第一批学生的名单，就能预言，这些人在随后的三四十年里将成为美国大学的著名教授。”

　　霍普金斯大学创立之时，美国的研究生教育制度非常的落后，吉尔曼认识到必须建立并改进美国研究生教育制度。他率先把重点放在研究生教育上，同时也强调本科教育与研究生教育相结合，才能更有利于促进学校科研的发展，进一步为社会提供高素质的人才。

　　为了保证研究生教育制度的实施，他采取了以下的办法：首先，抓好本科生的教育工作。其次，推行“访问讲座制”。让社会上的著名学者来校做讲座，这样既解决了该校教师的不足，又把各种思想引进自己的学校，以达到在霍普金斯大学能汇集众家之言的目的，也使学生开阔了视野。再次，他引进了自己在耶鲁大学谢菲尔德学院时采用的“学习小组制”。

　　结果证明这些制度取得了很大的成功。在1499名进入大学本科的学生中，有383名继续接受研究生教育，其中84名获得博士学位，霍普金斯大学由此也获得了“博士制造工厂”的称号。

　　霍普金斯大学的创立在美国高等教育发展史上起到了分水岭的作用，标志着美国第一所现代意义的研究型大学的产生。

　　由此，美国高等教育转入“研究型大学时代”。正如哈佛大学校长埃利奥特在纪念霍普金斯大学成立25周年纪念大会上称赞吉尔曼的工作时指出：“吉尔曼校长，你的首要的成功和成绩在于建立在一所研究生院，这所学院不仅本身是一所力量雄厚，具有发展潜力的学院，而且使这个国家每一所大学的艺术和科学系充满了生气。

　　“在霍普金斯获得博士学位，原普林斯顿大学校长，后成为美国总统的威尔逊也对吉尔曼予以高度的评价，他指出：“如果托马斯·杰弗逊是第一个在建设弗吉尼亚大学计划中为美国的大学奠定了广泛的基础的人的话，那么，毫无疑问，你就是第一个在美国建立和组织一所能够进行新的真理发现和传播的美国大学的人。”

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